Участник конференции

НАУМОВ Даниил Геннадиевич

к.б.н., старший научный сотрудник лаборатории микробиологии болотных экосистем

Институт микробиологии им. С.Н. Виноградского ФИЦ Биотехнологии РАН

фото_Наумов2

В 1995 г. я окончил кафедру молекулярной биологии МГУ и поступил в аспирантуру в ГосНИИ генетики и селекции промышленных микроорганизмов. Диссертационная работа исходно была посвящена экспериментальному исследованию генов утилизации сахарозы у молочнокислых бактерий и мелибиозы у дрожжей-сахаромицетов, однако существенная часть работы оказалась выполнена методами биоинформатики. По теме диссертации опубликовано девять статей в научных журналах, защита состоялась в 2001 г.

Затем я перешёл в лабораторию биоинформатики того же института и проработал там около десяти лет. В 2002–2003 годах прошёл годичную стажировку (постдок) по геномике и молекулярной эволюции в Université de Paris-Sud (Франция). Проводимые мной научные исследования преимущественно посвящены филогении различных семейств гликозил-гидролаз, выявлению эволюционных связей между этими семействами и поиску новых семейств гликозил-гидролаз. Полученные результаты были обобщены в обзоре «Иерархическая классификация гликозил-гидролаз» (Биохимия, 2011), а в ноябре 2011 г. успешно прошла апробация докторской диссертации по этой теме.

фото_Наумов1

2004 год

С мая 2011 г. работаю в Институте микробиологии РАН. Я продолжаю изучение семейств гликозил-гидролаз, помимо этого у меня появилось новое направление исследований, связанное с аннотацией бактериальных геномов.

Мои ранние работы посвящены исследованию эволюционных связей между гликозил-гидролазами, чьи каталитические домены имеют 3D структуру пятилопостного b-пропеллера – это очень редкий вариант пропеллера, почти не представленный за пределами гликозил-гидролаз. На примере этой группы белков впервые была предложена иерархическая классификация гликозил-гидролаз: суперсемейство/клан/семейство/подсемейство (Proteins, 2001). Позже она была распространена на ферменты с каталитическими доменами в виде TIM-бочонков (BGRS, 2006) – это самый распространённый среди гликозил-гидролаз тип пространственной структуры. Обобщив собственные результаты и литературные данные, мне удалось предложить глобальную классификацию всех гликозил-гидролаз (Биохимия, 2011). Она наряду с семействами, содержащими экспериментально охарактеризованные ферменты, также охватывает и родственные им семейства гипотетических гликозил-гидролаз.

На конференции я планирую представить данные о новом семействе гликозил-гидролаз, имеющих каталитический домен в виде b-пропеллера, оно в настоящее время содержит единственный энзиматически исследованный белок – b-галактозидазу из почвенного метагенома. Аннотирование полногеномной последовательности Paludisphaera borealis выявило наличие 18 генов белков данного семейства у этого планктомицета (Front. Microbiol., 2017).

  • Naumoff D.G. Conserved sequence motifs in levansucrases and bifunctional b-xylosidases and a‑L‑arabinases // FEBS Letters, 1999, V.448, P.177-179.
  • Naumoff D.G. b-Fructosidase superfamily: homology with some a-L-arabinases and b‑D‑xylosidases // Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2001, V.42, P.66-76.
  • Pons T., Naumoff D.G., Martínez-Fleites C., and Hernández L. Three acidic residues at the active site in the b-propeller architecture for the glycoside hydrolase families 32, 43, 62, and 68 // Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2004, V.54, P.424-432.
  • Naumoff D.G. GH97 is a new family of glycoside hydrolases, which is related to the α‑galactosidase superfamily // BMC Genomics, 2005, V.6, Art.112.
  • Naumoff D.G. Development of a hierarchical classification of the TIM-barrel type glycoside hydrolases // Proc. Fifth Internat. Conf. Bioinformat. Genome Regul. Structure. July 16–22, 2006. Novosibirsk, Russia. V.1, P.294-298.
  • Naumoff D.G. GH101 family of glycoside hydrolases: subfamily structure and evolutionary connections with other families // J. Bioinform. Comput. Biol., 2010, V.8, P.437-451.
  • Наумов Д.Г. Иерархическая классификация гликозил-гидролаз // Биохимия, 2011, Т.76, С.764-780.
  • Naumoff D.G., Dedysh S.N. Lateral gene transfer between the Bacteroidetes and Acidobacteria: the case of α-L-rhamnosidases // FEBS Lett., 2012, V.586, P.3843-3851.
  • Ivanova A.A., Naumoff D.G., Miroshnikov K.K., Liesack W., Dedysh S.N. Comparative genomics of four Isosphaeraceae Planctomycetes: a common pool of plasmids and glycoside hydrolase genes shared by Paludisphaera borealis PX4(T), Isosphaera pallida IS1B(T), Singulisphaera acidiphila DSM 18658(T), and strain SH-PL62 // Front. Microbiol., 2017, V.8, Art.412.
  • Наумов Д.Г., Дедыш С.Н. Малоизученные группы бактерий – источник новых ферментов: β-галактозидазы из планктомицетов и веррукомикробий // Микробиология, 2018 (в печати).